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コドン表

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コドンの使用頻度について

同じアミノ酸であっても、コドンの使用頻度は生物種によって異なる。そのため、他の生物を用いて組み換えタンパク質を発現させる場合には、宿主細胞で使用頻度の高いコドンへのサイレント変異を行い、発現量を最適化することができる。 かずさDNA研究所では、各生物種におけるコドン頻度の統計情報を公開している。


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右のコドン表では、ヒトのコドン頻度(1000個あたりの個数)を表示し、セリンの部分を黄色で強調している。セリンをコードするコドンはTCT/TCC/TCA/TCG/AGT/AGCの6種類。

このうちのTCGとAGCを比べてみると、同じアミノ酸をコードするコドンにもかかわらず、頻度が5倍も違うことが分かる。

付録

ユニバーサルコドンのタブ区切りテキスト

The Standard Code
TTT	Phe	TCT	Ser	TAT	Tyr	TGT	Cys
TTC	Phe	TCC	Ser	TAC	Tyr	TGC	Cys
TTA	Leu	TCA	Ser	TAA	TER	TGA	TER
TTG	Leu	TCG	Ser	TAG	TER	TGG	Trp
CTT	Leu	CCT	Pro	CAT	His	CGT	Arg
CTC	Leu	CCC	Pro	CAC	His	CGC	Arg
CTA	Leu	CCA	Pro	CAA	Gln	CGA	Arg
CTG	Leu	CCG	Pro	CAG	Gln	CGG	Arg
ATT	Ile	ACT	Thr	AAT	Asn	AGT	Ser
ATC	Ile	ACC	Thr	AAC	Asn	AGC	Ser
ATA	Ile	ACA	Thr	AAA	Lys	AGA	Arg
ATG	Met	ACG	Thr	AAG	Lys	AGG	Arg
GTT	Val	GCT	Ala	GAT	Asp	GGT	Gly
GTC	Val	GCC	Ala	GAC	Asp	GGC	Gly
GTA	Val	GCA	Ala	GAA	Glu	GGA	Gly
GTG	Val	GCG	Ala	GAG	Glu	GGG	Gly

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ページ内容タグ
tRNA tRNA 転移RNA (transfer-RNA)。 3つの塩基配列(コドン)とアミノ酸分子を物理的に対応付けるRNA分子。DNAの情報はmRNAに転写され、その配列に相補するtRNAでアミノ酸配列として翻訳される。 References * John G. Arnez and Dino Moras (1999) Transfer RNA. In , , ,
アミノアシルtRNAシンテターゼ アミノアシルtRNAシンテターゼ tRNAはリボソームに達する前にコドンに応じたアミノ酸と結合して準備されてなければいけない。また、コドンとアミノ酸の結合は正確でなければならない。アミノアシルtRNAシンテターゼは、コドンとアミノ酸の適合を担っている重要な酵素である。 , , , ,
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コドン表 コドン表 * コドン表のデータはThe Genetic Codes (NCBI)を元に作成。 コドンの使用頻度について 同じアミノ酸であっても、コドンの使用頻度は生物種によって異なる。そのため、他の生物を用いて組み換えタンパク質を発現させる場合には、宿主細胞で使用頻度の高いコドンへのサイレント変異を行い、発現量を最適化することができる。 かずさDNA研究所では、各生物種におけるコドン頻度の統計情報を公開している。… ,
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標準コドン表 [no.1] 標準コドン表 [no.1] (ユニバーサルコドン、The Standard Code) 通常のコドン表で、transl_tableのIDは1である。GenBankのファイル内では、IDが1の場合transl_tableは省略される。標準コドンでない場合に、qualifierとしてCDS feature内に明示される。開始コドンは
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