BioWiki

ツール集

遺伝子研究関連のインターネット上の便利なフリーウェアやウェブサービスです。いつも使っているソフトやツールがここに無かったら、ぜひ追加してください。

コミュニティ

制限酵素ツール

系統樹の描画

ClustalWで得られる系統樹の計算結果を描画するソフト

プラスミド描画

PlasMapper

PlasMapperは、カナダのアルバータ大学で開発されたWebベースのプログラムで、無料で使用できます。プラスミドDNA配列を入力するだけで、自動的にプラスミドマップを作成します。20kbpまでのプラスミドマップを描画できます。また、描画した図はPNG,JPG,SVG,SVGZ形式で出力することができます。

このツールを使うと、本当に簡単に作図できます。たとえば、右の図はpUC19の配列だけを入力し、「Graphic Map」ボタンを押しただけです・・ (クリックすると拡大)

RNAやDNAの構造

mfold

mfoldはRNAやDNAの二次構造を予測するプログラムです。

SimTK RNA Folding

SimTKのプロジェクトの中の、ToRNADoはPDBコードやファイルからRNA二次構造を表示・作画できるフリーソフトです。

その他

ブラウザ上でプラスミドマップを作成できる。SVGによるベクトル描画により、曲線が滑らか。

プラスミドマップを描画できるフリーウェア。

タンパク質立体構造表示ツール

化学構造描画ソフト

化学構造を表示出来るソフトウェア。

SketchEl

Javaで起動できるフリーウェアで、どのOSでも使えます。手軽で分かりやすいインターフェースなので、簡単な用途には便利です。

JChemPaint (CDK project)

化学構造(2次元)を描画するフリーソフトです。これもJavaアプリケーションです。

BKChem

 ※Pythonライブラリが必要。

Chemul [けむり]

日本の方が開発された、化学構造を閲覧できるプログラムで、Flashで閲覧できるところが特徴的。上記サイトで、アミノ酸などの多くの有機分子を閲覧できます。

画像・作図ソフト

GIMP


commons

オープンソースで開発が続けられているフリーの画像処理ソフト。Adobe Photoshopのように、画像を加工するために使います。Windows版・Macintosh版・Linux版が開発されています。

ネットワーク可視化/解析ソフト

Cytoscape

  • Cytoscapeは、ネットワークの描画/解析をするためのオープンソースソフトです。多くの論文で使われています。

ライフサイエンス辞書

ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、京都大学のライフサイエンス辞書プロジェクトが作成、公開している生命科学用辞書。 実際に論文に使われている例文で確認できるので、論文作成にとても便利。 (Apple社による紹介ページ)

その他、オンライン変換サービスとして次のようなツールがある。

  • E to J vocabulary : Webで英和単語帳を作る画期的なツール。
  • E to J : 専門用語の単語訳を行うツール。
  • Web spell : 一般語+専門用語のスペルチェック。

教材

耳で覚えるライフサイエンス英語2000
WebLSDの音声版がフリーウェアとして公開されている。iTunes や iPod で生命科学の英語,訳語,音声を勉強できる

オンデマンド英語教材
500語程度の生命科学に関連した記事を毎週更新。

ライフサイエンス用語変換辞書

ライフサイエンス用語かな漢字変換辞書

ライフサイエンス用語かな漢字変換辞書plus

製品・書籍

ポッドキャスト

最新号のトピックを「聴く」ことができます。PCやiPodなどのオーディオプレイヤーで再生できます。iTunesだと直接取り込むことができるので便利です。

リンク