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ベクターの配列を取得する方法

クローニングベクターの配列は、各試薬会社のホームページで得ることができる。しかし、会社ごとにWebページのレイアウトが違うし、迷子になってしまうこともままある。一般的なクローニングベクターは遺伝子データバンクに登録されているので、データバンクから取得する方法を覚えてしまえば、迷子にならずに済むかも知れない。

とはいっても、膨大な遺伝子を格納しているデータバンクから検索するには、「適切なキーワード」を入れなければ目的の配列までたどり着けず、意外とこのキーワードの試行錯誤でくじけてしまうことが多い。

このページでは、DDBJのARSAを利用して、クローニングプラスミドの配列などを取得する方法を説明する。

方法

1. DDBJページのARSAへ行く

DDBJのキーワード検索システムである、ARSAを用いる。ARSAページの単純検索(Simple Search)ではなく、条件を設定できるStandardSearchを用いる。

2. 条件を設定する。

プラスミドベクターを検索する場合、次の項目を入力すると良い。入力し終わったらsubmitボタンを押して検索を開始。

  1. プラスミド名
    QueryValueの入力ボックスにプラスミドの名前を入力。たとえば、「pBluescript」など。
  2. cloning vector
    クローニングベクターは、登録名としてcloning vectorという名前が含まれているので、入力ボックスにcloning vectorと入力。
  3. circular
    入力ボックスに環状であることを示すcircularを入力。

検索結果を見る

検索結果が一覧表になって表示される。もし、あまりにも多い場合は、4つめのキーワードを足して再検索してみる。結果テーブルの左端の列の英数字は、DDBJ/GenBank/EMBLのどのデータベースでも共通のACCESSION ID。クリックすると内容が表示される。

チェックした複数のエントリをダウンロードすることもできる。