BioWiki

ページ内容タグ
EBI EBI * European Bioinformatics Institute ebi
EBIからPDBのHEADERとTITLEを取得する EBIからPDBのHEADERとTITLEを取得する PHP EBIのCGIベースのWebサービスを使い、$idで指定したPDBエントリの名前やタイトルだけを取得するPHPコード例 /* * Fetch and extract PDB header and title * @license GPL 2 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) * @author Ikuo Obataya<ikuo_obataya[atmrk]symplus.co.jp> */ $id = "1j7i"; $url = "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=pdb&format=raw&style=raw&id=".$id; // Regex $pdbRegex = "/^HEADER\s+(.+)\s+(\d{1,2}-[A-Z]+-\d{1,2})\s+([a-zA-Z0-9]{4})|^TITLE\s+(\d+\s+)?(.+)/"; $handle = @fopen($url,"r…
EBIからデータベースエントリを取得する EBIからデータベースエントリを取得する SOAPを使わないC#クライアント例 SOAPを使わず、EBIのCGIを利用してもデータを取得できる。 EBI.WebClientクラス using System; using System.Net; namespace EBI { public class WebClient { private const string ERROR_KEYWORD = "Error Information"; private const string FETCH_URL= "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db={0}&id={1}&format={2}&style={3}"; private System.Net.WebClient wc = new System.Net.WebClient(); public WebClient(){} /// Fetch entry with default settin…
EBIのWebサービス EBIのWebサービス EBIのデータベースは、Webサービスを提供している。データベースエントリの取得や遺伝子やタンパク質配列の解析ができるので、研究に合わせたクライアントプログラムを作成することができる。 ,
Fetch HEADER and TITLE of PDB entry from EBI Fetch HEADER and TITLE of PDB entry from EBI PHP EBI's CGI based web service enables us to fetch PDB entry. The following is a PHP sample code which extracts a header and a title from retrieved PDB data. /* * Fetch and extract PDB header and title * @license GPL 2 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) * @author Ikuo Obataya<ikuo_obataya[atmrk]symplus.co.jp> */ $id = "1j7i"; $url = "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=pdb&format=raw&style=raw&id=".$id; // Regex $pdbRegex = "…