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 +======データベース検索=====
 +{{pubchem>​searchbox}}
 +{{pdb>​searchbox}}
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 +======ゲノム情報へのリンク======
 +  ***UCSC Genome Browser**
 +    *[[http://​genome.ucsc.edu/​index.html|UCSC Genome Browserのホームページ]]
 +  ***US Department of Energy Joint Genome Institute**
 +    *[[http://​genome.jgi-psf.org/​|Eukaryotic Genomics]]
 +  ***Washington University School of Medicine**
 +    *[[http://​genome.wustl.edu/​|Genome Sequencing Center]]
 +  ***Well Come Trust Sanger Institute**
 +    *[[http://​www.sanger.ac.uk/​|Sanger Instituteのホームページ]]
 +  ***Broad Institute at MIT**
 +    *[[http://​www.broad.mit.edu/​|Broad Instituteのホームページ]]
 +    *[[http://​www.broad.mit.edu/​tools/​data.html|Broad Insitute Data]]
 +  ***理化学研究所**
 +    *[[http://​www.gsc.riken.go.jp/​jpn/​database/​index.html|ゲノム科学総合研究センター]]
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 +**ホモサピエンス**\\ ​
 +  *[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​genome/​guide/​human/​|NCBI Human Genome Resources]]
 +  *[[http://​compbio.ornl.gov/​channel/​index.html|Oak Ridge National Laboratory Genome Channel]]
 +  *[[http://​www.hgsc.bcm.tmc.edu/​|Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center]]
 +  *[[http://​www.sanger.ac.uk/​HGP/​|Sanger Institute Human Genome Project]]
 +  *[[http://​projects.tcag.ca/​humandup/​|Human Genome Segmental Duplication Database]]
 +  *[[http://​humanparalogy.gs.washington.edu/​SDD/​index.htm|University of Washington Segmental Duplication DB]]
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 +**魚**\\ ​
 +  *[[http://​www.fugu-sg.org/​|Fugu Genome Project]]
 +  *[[http://​genome.jgi-psf.org/​Takru4/​Takru4.home.html|JGI Fugu rubripes]]
 +  *[[http://​fugu.biology.qmul.ac.uk/​|Queen Mary University of London Fugu Genomics Project]]
 +  *[[http://​www.genoscope.cns.fr/​externe/​tetranew/​|Tetraodon Genome Browser]]
 +  *[[http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​genome/​guide/​zebrafish/​|NCBI Zebrafish Genome Resources]]
 +  *[[http://​www.sanger.ac.uk/​Projects/​D_rerio/​|Sanger Institute Danio rerio Sequencing Project]]
 +  *[[http://​zfish.wustl.edu/​|Washington University Zebrafish Genome Resources]]
 +  *[[http://​zebrafish.stanford.edu/​genome/​Frontpage.html|Stanford Zebrafish Genome Project]]
 +  *[[http://​zfin.org/​|The Zebrafish Information Network]]
 +  *[[http://​big.nyp.edu.sg/​zpcr/​servlet/​index|Automatic Zebrafish-specific PCR primer design service]]
 +  *[[http://​134.174.23.160/​zfaca/​hash/​master020106public.aspx|Zebrafish Affy Chip Annotation Project]]
 +  *[[http://​zgc.nci.nih.gov/​|Zebrafish Gene Collection]]
 +
 +
 +**ショウジョウバエ(Drosophila)**\\ ​
 +  *[[http://​www.flybase.org/​|Flybase]]
 +  *[[http://​rana.lbl.gov/​drosophila/​|AAA:​ 12 Drosophila Genomes]]
 +  *[[http://​www.fruitfly.org/​|BDGP:​ Berkeley Drosophila Genome Project]]
 +
 +
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 +**その他**\\ ​
 +  -[[http://​eichlerlab.gs.washington.edu/​database.html|University of Washington Eichler Lab Segmental Duplication Database]]
 +
 +
 +======Tree of Life======
 +[[http://​tolweb.org/​tree/​phylogeny.html|{{bio:​tol_toppage.jpg?​200}}]]
 +**[[http://​tolweb.org/​tree/​phylogeny.html|Tree of Life web project]]**\\ \\ 
 +
 +地球上の生き物の多様性や、それらの進化の歴史や特徴について紹介するサイト。5000ページを超えるサイトは、「Tree」という名の通り、生物の分類によって上の階層、下の階層、近縁種をたどっていけます。
 +
 +
 +
 +======化学物質データベース======
 +
 +=====PubChem=====
 +化学物質をキーワードで検索し、その化合構造を表示したり、関連する論文を得ることができます。
 +  *[[http://​pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/​|PubChemホーム]]
 +======タンパク質データベース======
 +
 +=====PDB=====
 +[[http://​www.pdbj.org/​index_j.html|Protein Data Bank(タンパク質の三次元構造)]]
 +
 +タンパク質データベース、PDBです。結晶構造/NMR解析構造/理論解析から得られた、タンパク質構造データベースです。サイト上で3次元構造も表示することができます。
 +
 +{{pdb>​fullSmall:​1wla}}
 +
 +=====BRENDA=====
 +[[http://​www.brenda.uni-koeln.de/​|Enzyme Database - BRENDA(酵素データベース)]]
 +
 +E.C.番号で検索するならこのサイトです。その他、テキスト検索などの検索も行えます。
 +さまざまな条件(至適温度、失活温度、pH、KMなど)などを一覧表示できます。また、文献やPDBファイルへのリンクへすぐにたどり着くことができます。「Comprehensive」の名前の通りのデータベースです。
 +
 +======制限酵素データベース======
 +http://​rebase.neb.com/​rebase/​rebase.html
 +
 +New England Biolabs(NEB)が提供する制限酵素データベース。認識配列、反応温度、反応バッファー、メチル基に対する感受性など。他社の制限酵素データも含まれている。
 +
 +======タンパク質相互作用/​パスウェイデータベース======
 +
 +=====総合リンク集=====
 +[[http://​www.pathguide.org/​|Pathguide (各種pathway、PPIネットワークデータベースへのリンク集)]]
 +
 +[[http://​www.mskcc.org/​mskcc/​html/​44.cfm|Memorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC)]]による各種Pathway、タンパク質相互作用ネットワークへのリンク集。各データベースがどのようなデータフォーマットを採用しているか等を俯瞰することが出来る。[[http://​www.biopax.org/​|BioPAX]]、[[http://​psidev.sourceforge.net/​mi/​xml/​doc/​user/​|PSI-MI]]などの標準的フォーマットで表現されたデータは、[[http://​www.cytoscape.org/​|Cytoscape]]等で可視化、解析を行なうことが可能。
 +
 +=====タンパク質相互作用=====
 +  * [[http://​dip.doe-mbi.ucla.edu/​|DIP]]
 +  * [[http://​www.thebiogrid.org/​|BioGRID]]
 +  * [[http://​www.hprd.org/​|HPRD]]
 +  * [[http://​bond.unleashedinformatics.com/​Action?​|BIND (今はBONDに統合)]]
 +
 +=====パスウェイ=====
 +  * [[http://​www.genome.ad.jp/​kegg/​|KEGG]]
 +  * [[http://​www.reactome.org/​|Reactome]]
 +  * [[http://​www.pathwaycommons.org/​pc/​|Pathway Commons(複数のデータベースを統合したもの。それらを縦断検索が出来る)]]
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 +
 +{{tag>​データベース}}