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cytoscape [2013/01/31 14:38] (現在)
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 +====== Cytoscape ======
 +[[http://​www.cytoscape.org/​|Cytoscape]](サイトスケープ)とは分子間相互作用のネットワークを可視化したり、それらと遺伝子発現プロファイルなどを統合することのできるオープンソースのプラットフォーム。GUIで簡単にネットワーク図を作図できる。プラグインによる拡張によって各種解析を行うことができる。Javaで動作するので、どんなOSでも起動可能。
 +  *[[http://​cytoscape.seesaa.net/​|Cytoscape Info. Cytoscape関連の日本語情報]]
 +  *[[http://​cydoc.sourceforge.jp/​|CyDoc. Cytoscape日本語ドキュメント整備プロジェクト]]
 +  *[[http://​www.cytoscape.org/​|Cytoscape公式サイト(英語)]]
 +  *[[http://​www.cytoscape.org/​cgi-bin/​moin.cgi/​Publications|Cytoscapeの図を含む論文リスト]]
  
 +===== スクリーンショットの解説 =====
 +{{bio:​cytoscape_25_2.jpg?​200|}} {{bio:​cytoscape_25_3.png?​200|}} {{bio:​cytoscape_export1.png?​200|}}
 +
 +(左上から)
 +  *酵母の大規模なPPIネットワークを可視化したもの。遺伝子オントロジー([[http://​www.geneontology.org/​|GO]])によるアノテーションをネットワーク経由で付加。それを元にノードを彩色。
 +  *上記のネットワークを[[http://​baderlab.org/​Software/​MCODE|MCODEプラグイン]]にて解析。
 +  *そこで発見された局所構造(クラスター)をサブネットワークとして抽出。その後、Cytoscapeの可視化機能を使って加工したもの。出力形式はPNG,​ JPG, SVG, PDFなどをサポート。
 +
 +{{tag>​フリーウェア クラスター}}