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PDBカテゴリ

このカテゴリは、PDBファイルをアップロードするための場所です。このカテゴリに圧縮したPDBファイルをアップロードしておけば、このWiki内の他ページで分子モデルビューワーJmolで表示出来るようになります。

また、PDBプラグインを使うことで、PDBの検索ボックスや画像、リンクを作成することができます。

1.PDBのアップロード

アラニンの圧縮PDBファイル、ala.pdb.gzをこのページからアップロードしました。 ファイル自体を表示させるには、

  *{{pdb:ala.pdb.gz|Ala.pdb.gz}}
 {{ファイル名|表示される文字}}

と書きます。すると、下のように表示され、閲覧者がダウンロードできるようになります。

gzip圧縮について

アップロードするPDBファイルは、RCSB PDBページでダウンロードし、gzipで圧縮してください。
圧縮されていないファイルはアップロードできません。

2.JMolで表示させる

構文は、jmolというWikiタグを使って、ファイル名といくつかのオプションを指定するだけです。

<jmol (PDBファイル名) (幅) (高さ) (読み込みボタンの有無)>

// javascriptでJMolの直接操作。jmol.jsライブラリが使えます。

</jmol>

PDBファイル名が必須項目で、のこりの項目はオプションです。最小限の記述法で書いてみます。

<jmol arg.pdb.gz></jmol>

<jmol arg.pdb.gz></jmol>

その他のオプション

  1. サイズを指定する - 表示サイズを指定します。
  2. 読込ボタンを追加する - 分子構造データをページ表示後に読み込むボタンを追加できます。
  3. jmol.jsコードを利用する - Javascriptで詳細な操作を行います。

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