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jmolスクリプト [2013/06/09 18:07] (現在)
ライン 1: ライン 1:
 +====== jmol.jsコードを利用する ======
 +Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。
 +
 +=====CPKモデルのオプション=====
 +<​code>​
 +<jmol pro.pdb.gz 200 200>
 +  jmolBr();
 +  jmolRadioGroup([
 +    "​spacefill off",
 +    "​spacefill 20%",
 +    ["​spacefill 95%", null, "​checked"​]
 +    ], "<​br />"​);​
 +  jmolBr();
 +</​jmol>​
 +</​code>​
 +
 +<jmol pro.pdb.gz 200 200>
 +  jmolBr();
 +  jmolRadioGroup([
 +    "​spacefill off",
 +    "​spacefill 20%",
 +    ["​spacefill 95%", null, "​checked"​]
 +    ], "<​br />"​);​
 +  jmolBr();
 +</​jmol>​
 +
 +=====タンパク質のリボン表示=====
 +
 +<​code>​
 +<jmol 1xrk.pdb.gz 200 200 true>
 +  jmolBr();
 +  jmolButton("​select all;​spacefill off; wireframe off;​cartoon;​color cartoon chain;​select ligand;​wireframe 40;​spacefill 120;","​Ribbons"​);​
 +  jmolButton("​select all;​spacefill off; wireframe 40;​spacefill 120;cartoon off;","​Atoms"​);​
 +  jmolBr();
 +</​jmol>​
 +</​code>​
 +
 +<jmol 1xrk.pdb.gz 200 200 true>
 +  jmolBr();
 +  jmolButton("​select all;​spacefill off; wireframe off;​cartoon;​color cartoon chain;​select ligand;​wireframe 40;​spacefill 120;","​Ribbons"​);​
 +  jmolButton("​select all;​spacefill off; wireframe 40;​spacefill 120;cartoon off;","​Atoms"​);​
 +  jmolBr();
 +</​jmol>​
 +
 +====== リンク ======
 +
 +  *[[http://​jmol.sourceforge.net/​jslibrary/​|Jmol Script]] - コマンドリファレンス(公式サイト)
 +    *[[http://​wiki.jmol.org/​index.php?​title=Main_Page|Jmol Wiki]]
 +  *[[>​http://​www.uwosh.edu/​faculty_staff/​gutow/​Jmol_Web_Page_Maker/​Export_to_web_tutorial.shtml]]
 +  *[[>​http://​www.callutheran.edu/​Academic_Programs/​Departments/​BioDev/​omm/​scripting/​molmast.htm]]
 +  *[[http://​homepage2.nifty.com/​copper29/​ipr/​jmol.html]] - Jmolについて(日本語サイト)
 +
 +
 +
 +{{tag>​Jmol PDB 書き方}}