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タンパク質

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DNAリガーゼ DNAリガーゼ DNAリガーゼは、DNA末端を結合させる酵素で、 * 減数分裂するとき * 抗体遺伝子のシャッフル * DNA複製 に必須の酵素である。 Links * 今月の分子2004 * DNA Ligase - RCSB PDB 'Molecule of the month' タンパク質 酵素 dna , ,
Gタンパク質 Gタンパク質 細胞同士のメッセージは、すぐ隣の細胞への伝えられることもあれば、血管を通って遠くに届けられることもある。多くの場合、メッセージの多くは細胞表面のレセプターで受け取り、細胞膜を通って、細胞質内のGタンパク質に伝えられる。ヒトの細胞では、このGタンパク質によるシステムが一般的なシグナル伝達方法である。 , ,
Protein spotlight Protein spotlight <http://www.expasy.org/spotlight/> 「Protein Spotlight」 (ISSN 1424-4721) は、スイスバイオインフォマティクス研究所のSwiss-Protチームの月間レビューである。特定のタンパク質やタンパク質ファミリーについて、やさしく解説している。 最近の記事 <http://au.expasy.org/spotlight/index.rdf>から最新記事のフィードを取得できる。 , ,
Rubisco Rubisco (リブロース二リン酸 カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) 植物細胞が二酸化炭素を固定化する際に必要な酵素で、分子状二酸化炭素をリブロース二リン酸(炭素数5)に結合させる。さらに、炭素数が6個になったその鎖を2つのホスホグリセリン酸(炭素数3)に分解し、別の代謝系に供給する。 , , ,
tRNA tRNA 転移RNA (transfer-RNA)。 3つの塩基配列(コドン)とアミノ酸分子を物理的に対応付けるRNA分子。DNAの情報はmRNAに転写され、その配列に相補するtRNAでアミノ酸配列として翻訳される。 References * John G. Arnez and Dino Moras (1999) Transfer RNA. In , , ,
がん化抑制因子 p53 がん化抑制因子 p53 p53タンパク質はDNA結合タンパク質で、がん化を抑制するサプレッサーである。ヒトの癌においてこのタンパク質における変異が頻繁にみられる。 Reference * Links , ,
アセチルコリンエステラーゼ アセチルコリンエステラーゼ 筋肉細胞はシナプスで神経細胞からアセチルコリンを介して信号を受け取る。筋肉細胞の運動が終わったあとは、ずっと信号が入りっぱなしにならないように、アセチルコリンは分解されるか再吸収される必要がある。 アセチルコリンエステラーゼは神経細胞から放出されたアセチルコリンを分解する。 , , ,
アミノアシルtRNAシンテターゼ アミノアシルtRNAシンテターゼ tRNAはリボソームに達する前にコドンに応じたアミノ酸と結合して準備されてなければいけない。また、コドンとアミノ酸の結合は正確でなければならない。アミノアシルtRNAシンテターゼは、コドンとアミノ酸の適合を担っている重要な酵素である。 , , , ,
アルコールデヒドロゲナーゼ アルコールデヒドロゲナーゼ 肝臓でアルコールをアルデヒドに酸化する酵素。できたアルデヒドはさらにアルデヒドデヒドロゲナーゼに酸化されて酢酸となり、無毒化・資化される。 , , , , ,
カスパーゼ カスパーゼ 「プログラムされた細胞死」であるアポトーシスは、私たちの体の発達や維持に必要なプロセスで、胚の発達・組織の形成(いったん大きく形成しその後要らない部分の細胞が死ぬ)・損傷を受けた細胞の交換で見られる。カスパーゼは、アポトーシスの執行者となるシステインプロテアーゼで、アスパラギン酸の次の残基を切断する。 , , ,
カリウムチャンネル カリウムチャンネル 細胞は、細胞内部と外界を隔てる細胞膜で囲まれており、普段は大きな分子やイオンはこの細胞膜を通り抜けることができない。しかし、細胞には状況に応じて特定のイオンだけを通り抜けさせるための仕組み、「イオンチャンネル」がある。人間の神経細胞や筋肉細胞はイオンの濃度差によって信号を伝えるときに利用している。 , ,
カルシウムポンプ カルシウムポンプ 筋肉細胞が神経から「収縮しろ」という信号を受け取ると、細胞内の特別な場所に蓄えていたカルシウムを一気に放出する。このカルシウムイオンがアクチン繊維上にあるトロポミオシンに結合し、カルシウムイオンが無くなるまで、運動が続けられる。カルシウムポンプは、放出したカルシウムイオンをATPのエネルギーを使って再吸収する(筋肉を弛緩させる)。… , ,
カルモジュリン カルモジュリン カルシウムは、体の中で最も豊富なミネラルで、二番目に豊富なのがリン。そして、これらカルシウムとリンがおよそ2kgにもなる強固な骨を形成している。 しかし、カルシウムイオンは骨の形成だけでなく、情報伝達にも関わっている。カルシウムイオン結合タンパク質であるカルモジュリンは、カルシウム結合時に構造を変えて、その構造変化を他のカルモジュリン依存タンパク質がシグナルとして受け取る。筋肉の収縮やインスリンの放出、あるいは受精卵が2着以降の精子をブロックするためのシグナル伝達にもカルシウムイオンが関わっている。… , , , ,
キネシン キネシン 細胞の中にはさまざまな小器官(オルガネラ)があり、そこには適切なタンパク質が送り届けられなければならない。タンパク質の合成工場であるリボソームの近くであれば、単純拡散でも間に合うかも知れないが、もっと遠いところに迅速に運ばなければならない場合もある。たとえば、神経細胞のニューロンの長さは数百マイクロメートル以上にも及ぶため、単純拡散に頼ることはできない。… ,
コレラトキシン コレラトキシン コレラトキシンは細胞表面の炭化水素に結合し、細胞内に毒性ドメインを運ぶ。そして、細胞内のGタンパク質にADPを結合させ続け、細胞の情報伝達を阻害することで死に至らしめる。 , , ,
シトクロムc シトクロムc シトクロムcのような電子伝達タンパク質によって細胞内の電子が保持・伝達される。 Links * Cytochrome c - RCSB Molecule of the month 細胞内 タンパク質 酸化還元 補因子 ヘム , , , ,
シトクロムcオキシダーゼ シトクロムcオキシダーゼ 酸素呼吸する細胞すべてが持っている酵素で、シトクロムcから電子を受け取り、分子状酸素を還元して水分子を生成する。 Links * 今月の分子2000 * Cytochrome c Oxidase - RCSB PDB 'Molecule of the month' タンパク質 膜タンパク質 ,
シャペロン シャペロン シャペロンは、合成されたタンパク質の間違った折りたたみ(ミスフォールディング)を防ぐ。 タンパク質はアミノ酸が一つ一つつなげられて出来たポリペプチド鎖から出来ており、この鎖は自発的に折りたたまれていく(フォールディング)。しかし、巨大なタンパク質や複数のドメインを持ったタンパク質がコンパクトな形にたたまれる長い時間の間に、正しくフォールディングされなくなる場合もある。シャペロンは、そういったミスフォールディングが起きないように、ポリペプチド鎖と結合してフォールディングを介添えする。… , , ,
セルピン セルピン セルピンは、血液中に存在するトリプシンインヒビターの一つで、タンパク質を分解するエラスターゼからまわりの組織を守る。 Links * セルピン - Pubmed x LSD 総説検索 * Serpins - RCSB 'Molecule of the Month' ,
タンパク質の定量法 タンパク質の定量法 タンパク質の定量法には、大きくわけて二つの方法がある。 * 分光的(spectrophotometric)な方法 - 近紫外の吸収を測定する方法 * 比色法(colorimetric) - 呈色させた試料と標準溶液 ,
タンパク質構造予測ソフトウェア タンパク質構造予測ソフトウェア Wikipedia * Wikipedia - Protein structure prediction software(英語ページ) This list of protein structure prediction software summarizes commonly used software tools in protein structure prediction, including homology modeling, protein threading, ab initio methods, and secondary structure prediction. ,
デザイナータンパク質 デザイナータンパク質 生物の遺伝子の中にある配列ではなく、ゼロから配列を設計した人工タンパク質は「デザイナータンパク質」、あるいはde novoタンパク質と呼ぶ。αへリックスやβシート構造といった二次構造を組み合わせたいくつかのde novoタンパク質は、NMR構造解析や結晶構造解析できる程度まで構造の安定化・単一化ができる。 ,
トロンビン トロンビン 血液には緊急補修のための「血液凝固システム」を持っている。その中心的な役割を果たすのがトロンビンである。このタンパク質は、フィブリノーゲン繊維をつなぎ合わせて血液の漏れをせき止める。 , ,
ニューロトロフィン ニューロトロフィン ニューロトロフィンは神経系で分泌される小さなシグナルタンパク質である。条件によって、神経細胞を生存させるシグナルとして働く場合もあれば、細胞を殺すというまったく逆のシグナルとして働く場合もある。 , ,
ヌクレオソーム ヌクレオソーム 核内でDNA二重鎖を折りたたんでいるタンパク質複合体。DNAを物理的、化学的な損傷から守っている。 コアヒストンはH2Ax2, H2Bx2, H3x2, H4x2の8量体であり、この周りに146塩基 , , ,
ビウレット ビウレット 非タンパク質の窒素源として羊や牛の飼料に添加される。硫酸銅を含む強アルカリ溶液では銅イオンのキレートによって紫色を呈色する。 変性させたタンパク質の主鎖や側鎖がビウレットのように銅イオンをキレートすることによって定量する方法は , , , ,
フェリチンとトランスフェリン フェリチンとトランスフェリン 鉄イオンは、生体内でさまざまな役割を果たしている。ヘモグロビンのヘムに分子状の酸素を結合したり、電子伝達系で電子一個を授受したりしている。こういった仕事は他の有機分子やタンパク質だけでは難しい反応である。 , ,
ヘモグロビン ヘモグロビン ヘモグロビンは、ミオグロビンに似た構造のタンパク質が4分子集まった複合体である。複合体を形成することによって酸素結合能がアロステリック効果を受ける。 酸素が結合していないヘモグロビン , , , ,
ペニシリン結合タンパク質 ペニシリン結合タンパク質 ペニシリンは細菌の細胞壁合成を阻害するが、このペニシリンに結合するタンパク質が存在すると、ペニシリンによる細胞壁合成阻害が効かない。 Links * Penicillin-binding Proteins - RCSB Molecule of the month ,
ペプシン ペプシン ペプシンは消化系の中で最初に見つかったタンパク質で、胃の中でポリペプチド鎖はペプシンの活性サイトの深くに結合し(5pep)、小さな断片に分解される。その後、腸のさまざまなプロテアーゼやペプチダーゼがさらに分解を進め、そのアミノ酸やジペプチドといった小さい断片は、細胞に吸収され、代謝エネルギーや新しいタンパク質の原料となる。 , , ,
ミオグロビン ミオグロビン 分子状酸素をヘム鉄に配位結合し、酸素を貯蔵・運搬する球状タンパク質。初めて原子レベルでの立体構造決定されたタンパク質である。 ~RCSB PDBサイト「今月の分子」から~ , , ,
ミオシン ミオシン ATPのもつ化学エネルギーを物理的な動きに変えるタンパク質。四肢の筋肉も心臓の拍動もミオシンの働きによるものである。 Reference Links * Myosin - RCSB PDB 'Molecule of the month' * 今月の分子2001 * ,
ユビキチン ユビキチン 多くのタンパク質の寿命は 2,3分で、細胞は1つの仕事のためにタンパク質を合成し、仕事が終わったら廃棄する、というサイクルを延々と続けている。細胞はタンパク質の合成だけでなく廃棄もコントロールしており、ユビキチンは使い終わったタンパク質に付けられる「廃棄物タグ」のようなタンパク質である。タグの付いたタンパク質はプロテアソーム(タンパク質分解酵素複合体)で分解される。… ,
リゾチーム リゾチーム リゾチームは小さな細胞外酵素で、細菌を覆っている細胞壁を攻撃することによって細菌感染から身体を守っている。 細菌は炭化水素(多糖)によって堅い膜を形成していて、糖の鎖を短いペプチド鎖でしっかり連結している。この細胞壁が細菌の弱い細胞膜を補強しており、高い浸透圧に耐えられるようになっている。リゾチームは、この炭化水素の鎖を切って細胞壁をバラバラにしていき、その結果、バクテリアは自分自身の浸透圧によって破裂する。… , , ,
リボソーム リボソーム 細胞活動の大部分を占めるのがタンパク質合成である。リボソームはタンパク質の合成を担う巨大な複合体である。 タンパク質合成は、たくさんの分子を必要とする複雑なプロセスで、DNA・DNAポリメラーゼ・RNAポリメラーゼ、リプレッサーホスト、DNA修復酵素・トポイソメラーゼ・ヒストン、tRNA・アシルtRNAシンテターゼ、分子シャペロンなどの分子がかかわる。…
ロイシンとイソロイシンの比較 ロイシンとイソロイシンの比較 ロイシンとイソロイシンは化学組成が等しい構造異性体であり、次のような違いがある。 * ロイシンは主鎖から離れたγ炭素で分岐している。 * イソロイシンは主鎖に近いβ炭素で分岐している。 , ,
抗体 抗体 タンパク質・ポリペプチド・低分子に特異的に結合するタンパク質。血液中を循環しており、ウィルスなど外部からの異物に強固に結合し、不活性化する。たとえば、ウィルス粒子の表面を多数の抗体が認識・結合して覆ってしまえば、ウィルスの感染を防ぐことができる。一方、細菌の場合には抗体が結合するだけでは感染を防ぐことができないが、その場合には、別の免疫機構のための目印として働く。… , , ,
概日時計タンパク質 概日時計タンパク質 生物には、1日の長さを知るための仕組みを備えていて、これを概日時計と呼ぶ。シアノバクテリアで見つかった単純な仕組みには、3つのタンパク質がかかわっており、タンパク質の合成と分解のサイクルの時間が制御されている。 , ,
炭疽毒素 炭疽毒素 炭疽毒素は炭疽菌の生産するタンパク質のひとつである。炭疽菌はヒトに感染しにくいため、炭疽病自体はよくある病気ではない。炭疽菌は、普通は感染した動物と接触した人や動物から感染する。バイオテロリズムとして脅威となっているのは、炭疽菌を「胞子」の形で何年も保管でき、吸入すると致命的な感染につながるため、兵器として扱いやすいからである。… , , , ,
血清アルブミン 血清アルブミン 栄養として必要な分子には、糖のような水溶性のものもあれば、脂肪酸やステロイドのように非水溶性の分子もある。血中では血清アルブミンが結合することによって非水溶性の分子が凝集することを防いでいる。 , ,