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CAS番号 CAS番号 CAS番号は化学物質、ポリマー、生体分子の配列、混合物、合金などを区別するために割り当てられた番号。アメリカ化学学会のChemical Abstracts Service (CAS)部門がこれらの割当を行っている。
EBIのWebサービス EBIのWebサービス EBIのデータベースは、Webサービスを提供している。データベースエントリの取得や遺伝子やタンパク質配列の解析ができるので、研究に合わせたクライアントプログラムを作成することができる。 ,
INSD-XML INSD-XML 塩基配列データベースコンソーシアム、INSDCでのXMLフォーマット。 * INSD Documents * Feature table * INSD_V1.4.dtd (クリック後ダウンロード開始) * Entrez Utilities Web Service データベース xml ,
INSDC INSDC 国際塩基配列データベース(International Nucleotide Sequence Database Collaboration) DDBJ/EMBL/GenBankの三大DNAデータベースの協力機構。塩基配列のアクセションID(accession)の共通化やデータ形式の統一(INSD-XML)など、国際データベースとしての連携が図られている。 ,
International Programme on Chemical Safety (IPCS) International Programme on Chemical Safety (IPCS) * 国際化学物質安全性カード * <http://www.inchem.org/> 公式サイト (英語) Wikipedia データベース
NCBIのWebサービス NCBIのWebサービス E-Utilitiesを使うことで、アプリケーションでNCBIのデータベースを活用できる。 <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html> SOAPサービスも利用できるようになった。 <http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html> BLASTのAPIは、 * <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html> * NCBI Blast API NCBIとのやりとりの流れ ,
PubChem PubChem 米国NCBIの化学物質データベースで、化学構造情報だけでなく、MeSHや生物学的なアッセイ方法、類似化合物などと関連づけられているのが特徴。 * PubChemサイト 下の検索ボックスで直接PubChemのキーワード検索ができます。 ,
ウィルスの略号一覧 ウィルスの略号一覧 ICTV Taxonomy - Index of Viruses ウィルスの略号一覧 α1ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ * NCBIのInfluenza Virus Resource * ICTVdb ウィルス種データベース(NCBI) データベース ウィルス ,
ソルトレークシティと遺伝学 ソルトレークシティと遺伝学 疾患/遺伝子情報の宝庫 アメリカユタ州の州都、ソルトレークシティは自然豊かな街で、2002年冬季オリンピックの開催地として有名。モルモン教の総本山、「テンプルスクウェア」があり、9割以上の市民がモルモン教。 ,
データベースへのリンクの作り方 データベースへのリンクの作り方 このWiki内では、さまざまなデータベースのエントリへ簡単にリンクが張れるようになっています。(Interwiki機構) 通常のリンクのように、[[(リンク)]]のように書きますが、リンクの部分にデータベースとIDを指定すると、データベースのエントリへのリンクが作成されます。 , ,
データベース検索 データベース検索 遺伝子関連 遺伝子データベースのエントリはDDBJ(日本)、NCBI(米国)、EMBL(欧州)で共有されている。INSDCにより、これら三大データベース間のアクセションIDやデータフォーマットの共通化が図られている。
データベース検索 データベース検索 ゲノム情報へのリンク * UCSC Genome Browser * UCSC Genome Browserのホームページ * US Department of Energy Joint Genome Institute * Eukaryotic Genomics * Washington University School of Medicine * Genome Sequencing Center * Well Come Trust Sanger Institute * Sanger Instituteのホームページ * Broad Institute at MIT
ベクターの配列を取得する方法 ベクターの配列を取得する方法 クローニングベクターの配列は、各試薬会社のホームページで得ることができる。しかし、会社ごとにWebページのレイアウトが違うし、迷子になってしまうこともままある。一般的なクローニングベクターは遺伝子データバンクに登録されているので、データバンクから取得する方法を覚えてしまえば、迷子にならずに済むかも知れない。 ,
今月の分子 今月の分子 PDB(タンパク質構造データベース)を運営しているRCSBでD.S. Goodsellが月に一回ある分子の構造を選んで解説しているページ。豊富なイラストとともにタンパク質の機能について分かりやすく解説されている。 ,
今月の分子2000 今月の分子2000 RCSB PDBサイトで2000年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell * Myoglobin - ミオグロビン * Bacteriophage phiX174 - バクテリオファージφX174 * DNA Polymerase - DNAポリメラーゼ * Collagen - コラーゲン * Cytochrome c Oxidase - シトクロムcオキシダーゼ * HIV-1 Protease - HIV-1プロテアーゼ * Nucleosome - ヌクレオソーム * Restriction Enzymes - 制限酵素 * Lysozyme - リゾチーム * Ribosome - リボソーム * Rubisco - Rubisco * Pepsin - ペプシン pdb データベース… ,
今月の分子2001 今月の分子2001 RCSB PDBサイトで2001年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell * Alcohol Dehydrogenase - アルコールデヒドロゲナーゼ * Insulin - インシュリン * Transfer RNA - tRNA * Aminoacyl-tRNA Synthetases - アミノアシルtRNAシンテターゼ * Cyclooxygenase - シクロオキシゲナーゼ * Myosin - ミオシン * Actin - アクチン * Poliovirus and Rhinovirus - ポリオウィルス/ライノウィルス * Antibodies - 抗体 * Photosystem I - 光合成系I * DNA - DNA * Glycogen Phosphorylase - グリコーゲンホスホリラーゼ pdb データベース… ,
今月の分子2002 今月の分子2002 RCSB PDBサイトで2002年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell * Thrombin - トロンビン * Nitrogenase - ニトロゲナーゼ * Bacteriorhodopsin - バクテリオロドプシン * Anthrax Toxin - 炭疽毒素 * Penicillin-binding Proteins - ペニシリン結合タンパク質 * Glutamine Synthetase - グルタミンシンテターゼ * p53 - p53 * Chaperones - シャペロン * Reverse Transcriptase -逆転写酵素 * Dihydrofolate Reductase - ジヒドロ葉酸レダクターゼ * Ferritin and Transferrin - フェリチンとトランスフェリン * Cytochrome c - シトクロムc pdb データベース… ,
今月の分子2003 今月の分子2003 RCSB PDBサイトで2003年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell * Serum Albumin - 血清アルブミン * Potassium Channels - カリウムチャンネル * lac Repressor - lacリプレッサー * RNA Polymerase - RNAポリメラーゼ * Hemoglobin - ヘモグロビン * Green Fluorescent Protein (GFP) - GFP * Src Tyrosine Kinase - Srcチロシンキナーゼ * Calmodulin - カルモジュリン * Estrogen Receptor - エストロゲンレセプター * Trypsin - トリプシン * Simian Virus 40 - SV40 * Catabolite Activator Protein - カタボライト活性化タンパク質 pdb データベース… ,
今月の分子2004 今月の分子2004 RCSB PDBサイトで2004年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2004 by D.S. Goodsell * The Glycolytic Enzymes * The Calcium Pump * Growth Hormone by D.S. Goodsell and S. Dutta * Serpins * Acetylcholinesterase * DNA Ligase * Caspases * Catalase * G Proteins * Photosystem II * Ubiquitin pdb データベース ,
今月の分子2005 今月の分子2005 RCSB PDBサイトで2005年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2005 by D.S. Goodsell * Phenylalanine Hydroxylase - フェニルアラニンヒドロキシラーゼ * Major Histocompatibility Complex - MHC (主要組織適合複合体) * T-Cell Receptor - T細胞受容体(TCR) * Kinesin - キネシン * Self-splicing RNA - 自己スプライシングRNA * Carotenoid Oxygenase - カロテノイドオキシゲナーゼ * TATA-Binding Protein - TATA結合タンパク質 * Neurotrophins - ニューロトロフィン * Cholera Toxin - コレラトキシン * Designer Proteins - デザイナータンパク質 * Acetylcholine Receptor - アセチルコリンレセプター * ATP Syn… ,
今月の分子2006 今月の分子2006 RCSB PDBサイトで2006年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2006 by D.S. Goodsell * Topoisomerases * Alpha-amylase * Tissue Factor * Hemagglutinin * Glucose Oxidase * Luciferase * Amyloid-beta Precursor Protein * AAA+ Proteases * Elongation Factors * Cytochrome p450 * Fibrin * Transposase pdb データベース ,
今月の分子2007 今月の分子2007 RCSB PDBサイトで2007年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell * Importins * Exosomes * Zinc Fingers * Clathrin by G.T. Johnson and D.S. Goodsell * Aconitase and Iron Regulatory Protein 1 * Fatty Acid Synthase * Thymine Dimers * Anabolic Steroids * Citrate Synthase * Superoxide Dismutase * Multidrug Resistance Transporters * Oxidosqualene Cyclase pdb データベース ,
侵入生物データベース 侵入生物データベース ほ乳類鳥類は虫類両生類魚類昆虫類その他の動物維管束植物 独立行政法人 国立環境研究所は日本における侵入生物を調査し、データベースを公開している。 人間の活動によって本来の生息地から離れた場所に持ち込まれた生物が、その土地の固有種を駆逐、淘汰していくことがある。食用として輸入した種や、害獣の補食のために別の土地に放したもの、あるいは愛玩動物として飼育していたものが野生化してしまうのが原因のひとつである。…
原生生物 原生生物 リンク * 原生生物情報サーバ - 原生生物とその他の微生物の画像/動画 データベース
国際化学物質安全性カード 国際化学物質安全性カード (International Chemical Safety Card, ICSC) さまざまな業種の雇用者の健康と安全性を守るため、化学物質が人体に与える影響をデータベース化したもの。 WHO(世界保健機関)・UNEP(国連環境計画)・ILO(国際労働機関)の共同事業である、IPCS(国際化学物質安全性計画)が行っている。日本では、国立医薬品食品衛生研究所が日本語のデータベースを公開しており、日本語での検索も可能になっている。…
有機化合物のスペクトルデータベース 有機化合物のスペクトルデータベース 有機化合物のスペクトルデータベース - SDBS 有機化合物の種々のスペクトル(Mass,13C NMR, 1H NMR, IR, ESR)データベース。 産業技術総合研究所が運営している。1日50件しか閲覧できない。