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AAA+プロテアーゼ AAA+プロテアーゼ トリプシンやペプシンのようなプロテアーゼは細胞外に分散してすぐにタンパク質を切り始める。しかし、細胞内で何でもかんでも切られては困るので、より制御されたシステムが必要となる。制御された細胞内プロテアーゼの1つ、AAA+プロテアーゼは、活性部位が露出しないようにできており切断するタンパク質を容器に閉じ込めてから切断する。 , , ,
ATPシンターゼ ATPシンターゼ 生命活動の化学エネルギー通貨として用いられるATPは、ATPシンターゼによって生成される。ATPシンターゼのF0部分はサブユニットが円形に並んだモーターのような構造で、膜電位差によって回転する。この回転に伴ってF1部分でADPからATPが生成される。 , ,
Ble Ble Bleはブレオマイシン活性を抑えるブレオマイシン耐性遺伝子。 Gene Accession X52869 InterPro Bleomycin resistance protein family PDB * * References 酵素 抗生物質 jmol interpro pdb , , , ,
DNAポリメラーゼ DNAポリメラーゼ 生命活動の「かなめ」、遺伝情報の複製を担う酵素複合体。 Links * DNA Polymerase - RCSB PDB 'Molecule of the month' dna 酵素 細胞内 , ,
DNAリガーゼ DNAリガーゼ DNAリガーゼは、DNA末端を結合させる酵素で、 * 減数分裂するとき * 抗体遺伝子のシャッフル * DNA複製 に必須の酵素である。 Links * 今月の分子2004 * DNA Ligase - RCSB PDB 'Molecule of the month' タンパク質 酵素 dna , ,
HIV-1プロテアーゼ HIV-1プロテアーゼ Links * HIV-1 Protease - RCSB PDB プロテアーゼ 酵素 ウィルス , ,
PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) DNAやRNAの特定の部分を増幅する方法。プライマーと呼ばれる短いDNA断片を鋳型となる核酸にアニールし、ポリメラーゼで連鎖的に伸長する。微量の鋳型からでも増幅でき、反応が2時間程度と短時間であるため、遺伝子工学研究では必要不可欠な技術となっている。 ,
Pfu DNAリガーゼ Pfu DNAリガーゼ 好熱細菌 Pyrococcus furiosus (Pfu)のDNAリガーゼ。 PDB <jmol 2cfm.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
PstI PstI PstI -> PSTI -> 制限酵素PstI 認識サイト [CTGCAG] 反応温度 37 ºC バッファーLowMidHighAcKCl ≥75% X X O X X リンク * 制限酵素 * 制限酵素のバッファー * REBASE 膵分泌性トリプシンインヒビター トリプシンインヒビターはトリプシンに結合して分解活性を抑制する。 , ,
RNase RNase RNAの分解酵素。DNaseと異なり、活性に補因子を必要としないため、変性後にもリフォールディングして活性を取り戻す。そのため、RNAを試料として扱う実験では厄介な存在でもある。 , ,
RNAポリメラーゼ RNAポリメラーゼ RNA分子は転写・翻訳・触媒機能・分子認識能など多彩な機能を持っている。特に、翻訳を行なうリボソームではmRNA、tRNAを含めてさまざまなRNAが機能することによってタンパク質合成が行なわれている。これらのRNAすべてを合成しているのがRNAポリメラーゼである。 ,
Rubisco Rubisco (リブロース二リン酸 カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) 植物細胞が二酸化炭素を固定化する際に必要な酵素で、分子状二酸化炭素をリブロース二リン酸(炭素数5)に結合させる。さらに、炭素数が6個になったその鎖を2つのホスホグリセリン酸(炭素数3)に分解し、別の代謝系に供給する。 , , ,
Srcチロシンキナーゼ Srcチロシンキナーゼ 生体の細胞は、それぞれが協力して生命を維持している。協力するためには、別の細胞に要求を伝えたり、別の細胞からの要求を受け取ったりする仕組みが必要で、さらに、やりとりするためのメッセージは、細胞の外のシグナルを、細胞膜を通過して内部に伝えなければいけない。 そのメッセージのやりとりをするのが、Srcタンパク質で、細胞膜の内側あたりで成長を制御するメッセージの授受を行っている。Srcはチロシンキナーゼであり、別の分子の… ,
Taq DNA ポリメラーゼI Taq DNA ポリメラーゼI 好熱細菌Thermus aquaticus(Taq)のDNAポリメラーゼI。高温でも活性を失わないため、PCRに利用される。 PDB Taq DNA ポリメラーゼ/DNAの複合体結晶構造 <jmol 4ktq.pdb.gz 300 300 true> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
TdT活性 TdT活性 TdT(terminal deoxynucleotidyl-transferase)活性。2本鎖DNAの平滑末端の3'末端にヌクレオチドを1つだけ付加する活性。 TaqとPfu [TaqとPfuの生成物の違い] PCRで用いられるTaqなどがTdT活性をもっている。平滑末端の3'-OHにヌクレオチドを1つだけ付加するため、PCR産物も3'突出となる。基質としてdNTPを用いてもアデニンが選択的に付加される。 (PfuのようにTdT活性を持たない酵素は、PCR産物も平滑末端となる。)… , ,
アセチルコリンエステラーゼ アセチルコリンエステラーゼ 筋肉細胞はシナプスで神経細胞からアセチルコリンを介して信号を受け取る。筋肉細胞の運動が終わったあとは、ずっと信号が入りっぱなしにならないように、アセチルコリンは分解されるか再吸収される必要がある。 アセチルコリンエステラーゼは神経細胞から放出されたアセチルコリンを分解する。 , , ,
アデニル酸シクラーゼ アデニル酸シクラーゼ ATPを環状化してcAMPを合成する酵素。 Protein familyAdenylate cyclaseEC4.6.1.1 PDB entry Reference リンク * ATP/cAMP * サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼ 酵素 atp 化学構造 , ,
アミノアシルtRNAシンテターゼ アミノアシルtRNAシンテターゼ tRNAはリボソームに達する前にコドンに応じたアミノ酸と結合して準備されてなければいけない。また、コドンとアミノ酸の結合は正確でなければならない。アミノアシルtRNAシンテターゼは、コドンとアミノ酸の適合を担っている重要な酵素である。 , , , ,
アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼは、ATPからネオマイシン骨格にリン酸を転移させる酵素。この酵素の遺伝子を持つ細胞は、 , , ,
アミラーゼ アミラーゼ アミラーゼは多糖であるデンプンやグリコーゲンを分解する酵素。唾液や膵液に分泌される。 Links * Alpha-amylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酵素 消化 糖 , ,
アルコールデヒドロゲナーゼ アルコールデヒドロゲナーゼ 肝臓でアルコールをアルデヒドに酸化する酵素。できたアルデヒドはさらにアルデヒドデヒドロゲナーゼに酸化されて酢酸となり、無毒化・資化される。 , , , , ,
オキシドスクアレンシクラーゼ オキシドスクアレンシクラーゼ コレステロールは細胞に必須の分子である。細胞膜の形成や、ビタミンD・ステロイドホルモンの原料として重要な分子である。しかし、過剰なコレステロール摂取は動脈硬化や心疾患の原因となる。 , , , ,
カスパーゼ カスパーゼ 「プログラムされた細胞死」であるアポトーシスは、私たちの体の発達や維持に必要なプロセスで、胚の発達・組織の形成(いったん大きく形成しその後要らない部分の細胞が死ぬ)・損傷を受けた細胞の交換で見られる。カスパーゼは、アポトーシスの執行者となるシステインプロテアーゼで、アスパラギン酸の次の残基を切断する。 , , ,
カタラーゼ カタラーゼ 細胞内での電子伝達の過程で、うっかり酸素が電子を受け取ってしまうと、酸素ラジカルや過酸化水素が生成される。これらの分子は他の分子と反応してしまうため、細胞内では危険な分子である。 , ,
カロテノイドオキシゲナーゼ カロテノイドオキシゲナーゼ カロテノイドオキシゲナーゼは、鉄イオンを補因子としてカロテノイドを酸化的に分解する。βカロテンが分解されると、レチナール(ビタミンA)が生成される。 レチナールは、網膜の光受容・上皮組織の分化・骨形成・再生・免疫応答など、さまざまな機能に必須のビタミンである。 , , ,
クエン酸シンターゼ クエン酸シンターゼ クエン酸シンターゼは呼吸するすべての細胞に見られる酵素で、解糖系で得られた炭素を酸化することによって二酸化炭素と化学エネルギーとしてのNADHを生成する。 ,
クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT) 日本語 English クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT) クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼは、アセチルCoAのアセチル基をクロラムフェニコール(Cm)の水酸基へ転移させる酵素。アセチル化されたCmはリボソーム50Sサブユニットに結合できなくなる。 , , ,
グリコーゲンホスホリラーゼ グリコーゲンホスホリラーゼ 栄養として蓄えておいたグリコーゲンを、すぐに利用できる形の単糖(グルコース)に遊離する酵素。 Links * 今月の分子2001 * Glycogen Phosphorylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酵素 代謝反応 ,
グルコースオキシダーゼ グルコースオキシダーゼ グルコースオキシダーゼは、グルコースをグルコラクトンへ酸化する小さくて安定な酵素。細胞外ではたらくため、表面には多くの糖鎖が結合している。酸化反応において、酸素から過酸化水素を発生する。 , , , , , ,
グルコース分解酵素群 グルコース分解酵素群 生命活動を支える化学エネルギーを取り出す解糖系では、複数の酵素がグルコースを丁寧に分解していく。分解の過程ではATPなどの化学エネルギーや他の代謝系に使われる低分子が生産される。 , ,
グルタミンシンテターゼ グルタミンシンテターゼ グルタミンシンテターゼは、アンモニアとグルタミン酸からグルタミンを合成する。窒素源の量をコントロールするため、まわりのアミノ酸や核酸の量によって活性が変化する。 Links * Glutamine Synthetase - RCSB Molecule of the month , ,
コリンエステラーゼ コリンエステラーゼ PDBエントリ <jmol 2j4c.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select BUA;spacefill 120%;","リボンとリガンド"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120%;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , ,
サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼ サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼ 環状ヌクレオチドのリン酸ジエステル結合を切断する酵素。 Protein familyCyclic nucleotide phosphodiesterase - 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesteraseEC3.1.4.37 PDB entries References リンク * cAMP * アデニル酸シクラーゼ 酵素 核酸 ,
シクロオキシゲナーゼ シクロオキシゲナーゼ References * * * Links * プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素 - Pubmed x LSD 総説検索 * Cyclooxygenase - RCSB PDB 'Molecule of the month' 酸化還元 酵素 補因子 ヘム , , ,
ジヒドロ葉酸レダクターゼ ジヒドロ葉酸レダクターゼ 葉酸は炭素を付加する酵素反応で炭素の供給源となる分子である。酸化された葉酸を還元状態にもどしてリサイクルするのがジヒドロ葉酸レダクターゼである。葉酸が関わる特に重要な反応は、 , , ,
スーパーオキシドジムスターゼ (SOD) スーパーオキシドジムスターゼ (SOD) 酸素は呼吸する生物には必須の分子でありながら、危険な分子でもある。反応性の高いスーパーオキシド(, superoxide)はDNAの変異を引き起こしたり、酵素などのタンパク質上のアミノ酸に反応して本来の機能を失わせてしまう。 , , ,
トポイソメラーゼ トポイソメラーゼ DNAの複製や転写にはDNAを解く必要がある。トポイソメラーゼは、DNA二重らせんをほどく酵素。(トポロジーを変える酵素) * トポイソメラーゼ I は、DNA二重らせんの巻きを解消する。dsDNAの片方の鎖のリン酸エステルをチロシンに結合させて「切れ目」を入れて回転させる。 , ,
トリプシン トリプシン トリプシンは、タンパク質消化酵素の一つでポリペプチドのペプチド結合を切断する。切断する位置のアミノ酸は酵素によって特異性がある。 トリプシン 塩基性のリジンやアルギニン キモトリプシン , ,
ニトロゲナーゼ ニトロゲナーゼ 空気中の75%を占める窒素分子は、化学的な安定性が高いために窒素原子に分けることがとても難しい。バクテリアのニトロゲナーゼ酵素は、この難しい反応を行い、生物が使いやすい分子として窒素を固定化する。 , , ,
ヌクレアーゼ ヌクレアーゼ 酵素
ノイラミニダーゼ ノイラミニダーゼ 種々の生体分子の末端のシアル酸のα-2,3、α-2,6、α-2,8-グリコシド結合(反応速度順)の加水分解を触媒する酵素である。シアル酸を持つものとしては、多糖類・糖タンパク質・糖脂質・コロミン酸(シアル酸重合体)、その他合成化合物がある。 , ,
ハイグロマイシンフォスフォトランスフェラーゼ ハイグロマイシンフォスフォトランスフェラーゼ ハイグロマイシンフォスフォトランスフェラーゼはATPからハイグロマイシンへリン酸を転移させる。リン酸が付加されることで、ハイグロマイシンはリボソームに結合できなくなる。 , , ,
フェニルアラニンヒドロキシラーゼ フェニルアラニンヒドロキシラーゼ フェニルアラニンヒドロキシラーゼは、フェニルアラニン(Phe)にヒドロキシル基(-OH)を付加し、チロシン(Tyr)を生成する。 Phe -> Tyr Links * Phenylalanine Hydroxylase - RCSB PDB 'Molecule of the month' , ,
プロテインキナーゼ プロテインキナーゼ 細胞内でタンパク質をリン酸化で、シグナル伝達を行う。たとえば、Srcチロシンキナーゼは細胞表面でレセプターが受け取った情報を、細胞内のさまざまなタンパク質をリン酸化することでシグナルを伝達している。 ,
ペプシン ペプシン ペプシンは消化系の中で最初に見つかったタンパク質で、胃の中でポリペプチド鎖はペプシンの活性サイトの深くに結合し(5pep)、小さな断片に分解される。その後、腸のさまざまなプロテアーゼやペプチダーゼがさらに分解を進め、そのアミノ酸やジペプチドといった小さい断片は、細胞に吸収され、代謝エネルギーや新しいタンパク質の原料となる。 , , ,
ホスファターゼ ホスファターゼ ホスファターゼは5'末端のリン酸を脱リン酸化する。ホスファターゼ処理後は5'はヒドロキシル末端となる。 + ホスファターゼ → BAPとCIAP 遺伝子工学用の試薬としては、CIAP (Calf Intestine Alkaline Phosphatase)や、BAP(Bovine alkaline phosphatase)がよく用いられる。 ,
ポリメラーゼ ポリメラーゼ 酵素
メチラーゼ メチラーゼ (Methylase, Methyltransferase, MTase) 大腸菌などのバクテリアにおける制限修飾系(Restriction and modification system)として知られる酵素のうち、メチル化修飾を行う酵素。遺伝子工学実験で用いられるのは、核酸の特定の塩基配列を認識し、特定部位をメチル化するTypeIIの制限修飾系メチラーゼである。 , ,
メチラーゼ メチラーゼ 酵素
ラクタマーゼ ラクタマーゼ βラクタマーゼ * IPR001466 InterProエントリ(タンパク質ファミリー) * 3.5.2.6 Brendaエントリ(酵素データベース) <jmol 1bsg.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , ,
リガーゼ リガーゼ ポリヌクレオチド(DNA, RNA)の5'リン酸末端と3'ヒドロキシル末端を結合する酵素。生体内において、DNAの複製・修復時に必要となる。 + リガーゼ + ATP → 細胞内での反応 DNAの複製 , ,
リゾチーム リゾチーム リゾチームは小さな細胞外酵素で、細菌を覆っている細胞壁を攻撃することによって細菌感染から身体を守っている。 細菌は炭化水素(多糖)によって堅い膜を形成していて、糖の鎖を短いペプチド鎖でしっかり連結している。この細胞壁が細菌の弱い細胞膜を補強しており、高い浸透圧に耐えられるようになっている。リゾチームは、この炭化水素の鎖を切って細胞壁をバラバラにしていき、その結果、バクテリアは自分自身の浸透圧によって破裂する。… , , ,
ルシフェラーゼ ルシフェラーゼ ルシフェラーゼは、ATPを消費してルシフェリンを発光させる酸化還元酵素である。 PDB ルシフェラーゼ ルシフェリン Links * 緑色蛍光タンパク質 * Luciferase - RCSB PDB site 'Molecule of the month' * AK Rainbow社のページ 酵素 補酵素 酸化還元 atp , , ,
制限修飾系 制限修飾系 (Restriction and modification system type I, type I R-M system) 大腸菌に代表されるバクテリアの制限修飾系。ファージからの感染を防ぐためのシステム。EcoKIやEcoBIなど。菌のゲノム上の特定の配列をメチラーゼで修飾(メチル化)し、メチル化されていない外来遺伝子を制限(切断)することによって外来遺伝子からゲノムを守る。 , , ,
逆転写酵素 逆転写酵素 通常の細胞はDNAからRNAコピーが作られるため、RNAからDNAの合成を逆転写と呼び、RNAからDNAへの転写を行う酵素が逆転写酵素(reverse transcriptase)である。 HIV(ヒト免疫不全ウィルス)はレトロウィルスで、遺伝物質を宿主細胞のゲノムに組み込んでしまう能力がある。このウィルスは遺伝物質をRNA鎖としてもっており、感染したHIV顆粒は感染時にRNAからDNAコピーを作る。… , ,