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Alanine Alanine Name L-Alanine MeSH 68000409 CAS No. 56-41-7 Molecular Formula Molecular Weight 89.0932 m.p.314.5 - 316.5℃ pK1(25℃)2.35 pK2(25℃)9.87 taste sweet <jmol ala.pdb.gz 250 250></jmol> Link * Amino acid * Fmoc-Ala-OH * Amino acids for SPPS * アラニン * 알라닌 amino_acid chemical_structure jmol , ,
Arginine Arginine Name L-Arginine CAS No. 74-79-3 Formula Molecular Weight174.201pK1(25℃)1.82pK2(25℃)8.99pKR(25℃)12.48taste bitter <jmol arg.pdb.gz 250 250></jmol> Links * Amino acid * Basic amino acids * , ,
Asparagine Asparagine Name L-Asparagine CAS No.70-47-3Molecular Formula Molecular Weight132.118 g/molm.p.233-235℃pK1(25℃)2.10pK2(25℃)8.84 Links * Amino acid * Fmoc-Asn(Trt)-OH * Amino acids for SPPS * アスパラギン amino_acid jmol chemical_structure , ,
Aspartic acid Aspartic acid <jmol asp.pdb.gz 250 250></jmol> m.p.230-300℃pK1(25℃)1.99pK2(25℃)9.90pKR(25℃)3.90 Links * Acidic amino acid * Glutamic acid * Amino acids for SPPS * Fmoc-Asp(OtBu)-OH * アスパラギン酸 * 아스파라긴산 amino_acid jmol ,
Ble Ble Bleはブレオマイシン活性を抑えるブレオマイシン耐性遺伝子。 Gene Accession X52869 InterPro Bleomycin resistance protein family PDB * * References 酵素 抗生物質 jmol interpro pdb , , , ,
Comparison between Leu and Ile Comparison between Leu and Ile Side-chain of Ile brahches at β-carbon flanking to α-carbon of main-chain, though that of leucine branches at γ-carbon. Therefore, γ-carbons of Ile are close to carbonyl oxygen of mainchain. Leucine <jmol leu.pdb.gz 300 300></jmol> ,
Diamond Diamond <jmol diamond.pdb.gz></jmol> jmol
Glutamic acid Glutamic acid Name L-Glutamic acid Molecular Weight 147.12926 g/mol Molecular Formula XLogP -3.3 CAS No. 56-86-0m.p.205℃pK1(25℃)2.10pK2(25℃)9.47pKR(25℃)4.07 <jmol glu.pdb.gz 250 250></jmol> Links * , ,
Glutamine Glutamine A non-essential amino acid present abundantly throughout the body and is involved in many metabolic processes. It is synthesized from GLUTAMIC ACID and AMMONIA. It is the principal carrier of NITROGEN in the body and is an important energy source for many cells. , ,
Histidine Histidine Name L-Histidine MeSH 68006639 CAS No.71-00-1Molecular Weight 155.15456 g/mol Molecular Formula XLogP -3.4 m.p.282℃pK1(25℃)1.80pK2(25℃)9.33pKR(25℃)6.04tastebitter, sour <jmol his.pdb.gz 250 250></jmol> , ,
jmol.jsコードを利用する jmol.jsコードを利用する Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。 , ,
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Lysine Lysine Name L-Lysine MeSH 68008239 CAS No.56-87-1Molecular Weight 146.18756 g/mol Molecular Formula XLogP -2.9 pK1(25℃)2.16pK2(25℃)9.18pKR(25℃)10.79tastebitter <jmol lys.pdb.gz 250 250></jmol> Links * Amino acid * Basic amino acids , , ,
Methionine Methionine Met, M A sulfur containing essential amino acid that is important in many body functions. It is a chelating agent for heavy metals. Name L-Methionine CAS No.63-68-3Molecular Weight 149.21134 g/mol ,
PDBカテゴリ 日本語|English PDBカテゴリ このカテゴリは、PDBファイルをアップロードするための場所です。このカテゴリに圧縮したPDBファイルをアップロードしておけば、このWiki内の他ページで分子モデルビューワーJmolで表示出来るようになります。 , , ,
Pfu DNAリガーゼ Pfu DNAリガーゼ 好熱細菌 Pyrococcus furiosus (Pfu)のDNAリガーゼ。 PDB <jmol 2cfm.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
Serine Serine Ser, S A non-essential amino acid occurring in natural form as the L-isomer. It is synthesized from GLYCINE or THREONINE. It is involved in the biosynthesis of PURINES; PYRIMIDINES; and other amino acids. Name L-Serine MeSH 68012694 CAS No.56-45-1Molecular Formula , ,
Taq DNA ポリメラーゼI Taq DNA ポリメラーゼI 好熱細菌Thermus aquaticus(Taq)のDNAポリメラーゼI。高温でも活性を失わないため、PCRに利用される。 PDB Taq DNA ポリメラーゼ/DNAの複合体結晶構造 <jmol 4ktq.pdb.gz 300 300 true> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
Threonine Threonine Threonine, Thr, T MeSH - An essential amino acid occurring naturally in the L-form, which is the active form. It is found in eggs, milk, gelatin, and other proteins. Name L-Threonine Molecular Formula CAS No. , ,
Tryptophan Tryptophan Tryptophan, Trp, W An essential amino acid that is necessary for normal growth in infants and for NITROGEN balance in adults. It is a precursor of INDOLE ALKALOIDS in plants. It is a precursor of SEROTONIN (hence its use as an antidepressant and sleep aid). It can be a precursor to NIACIN, albeit inefficiently, in mammals. , ,
Tyrosine Tyrosine Tyr, Y A non-essential amino acid. In animals it is synthesized from phenylalanine. It is also the precursor of epinephrine; thyroid hormones; and melanin. Name L-Tyrosine MeSH 68014443 CAS No.60-18-4Molecular Weight 181.18854 g/mol Molecular Formula XLogP -1.8 m.p.290 - ℃pK1(25℃) , ,
アスパラギン酸 アスパラギン酸 Aspartic acid, Asp, D 非必須アミノ酸の一つで、多くはL型で存在する。動物や植物に存在し、特にサトウキビやテンサイに多く含まれる。神経伝達物質としても働く。 Name L-Aspartic acid , , , ,
アラニン アラニン Alanine, Ala, A 側鎖がメチル基の非必須アミノ酸。グルタミン酸のアミノ基の転移によってピルビン酸から合成される。また、逆反応によって分解される。アラニンは細胞質に高濃度で存在している。糖や酸の代謝にもかかわり、免疫力の向上や、筋肉組織・脳・中枢神経系へのエネルギーの供給にもかかわる。 , , ,
アルギニン アルギニン Arginine, Arg, R 側鎖に塩基性のグアニジノ基をもつ必須アミノ酸。アンモニアから尿素を生成し、窒素を排泄する尿素サイクルでは、アルギニンを経て尿素とオルニチンが生成される。 語源は白い硝酸銀塩から、ラテン語の「白い、 , , , ,
イソロイシン イソロイシン Isoleucine, Ile, I 分岐した疎水性側鎖を持つ必須アミノ酸。ロイシンと組成が同一な構造異性体(isomer)。イソロイシンは、側鎖がβ炭素で分岐しているため、側鎖が主鎖と近接して自由度が低い。そのため、二次構造形成傾向がロイシンとは大きく異なる。( , , ,
ウマ心臓ミオグロビン ウマ心臓ミオグロビン PDB:1WLA * * <jmol 1wla.pdb.gz> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); ,
カフェイン カフェイン 天然に存在するメチルキサンチンで、飲料や医薬品に含まれる。カフェインのもっとも顕著な効果は中枢神経系への刺激で、覚醒・興奮作用を示す。また、平滑筋の弛緩・心筋の刺激・利尿作用があり、一部の頭痛の治療に便利である。細胞内でのカフェインの作用がいくつか観測されてはいるが、薬学的な性質の効果すべてが明らかになっていない。作用のうちのもっとも重要なものは、サイクリックヌクレオチドフォスフォジエステラーゼの阻害、アデノシン受容体への拮抗作用、細胞内カルシウムの調節である。… ,
グリシン グリシン Glycine, Gly, G 側鎖がなく、光学異性(L-,D-)もない最も単純なアミノ酸。語源はその甘みから。さまざまな生合成経路で現れ、たとえば、ヘモグロビンの補因子であるポルフィリン環はグリシンと , , ,
グルタミン グルタミン Glutamine, Gln, Q 側鎖にアミド結合を持つ非必須アミノ酸。αケトグルタル酸からグルタミン酸を経て生合成される。 体に豊富に存在している非必須アミノ酸で、多くの代謝反応に関わっている。グルタミン酸とアンモニアから生合成される。そのため、もっとも重要な窒素源の運び役である。また、多くの細胞で重要なエネルギー源としても用いられる。 , , ,
グルタミン酸 グルタミン酸 Glutamic acid, Glu, E 側鎖にカルボン酸を持つアミノ酸で、αケトグルタル酸から生合成される非必須アミノ酸。側鎖にカルボン酸をもつアスパラギン酸と共に酸性アミノ酸としてタンパク質立体構造の形成や酵素活性に重要な役割を果たす。 , , , ,
コリンエステラーゼ コリンエステラーゼ PDBエントリ <jmol 2j4c.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select BUA;spacefill 120%;","リボンとリガンド"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120%;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , ,
サイズの指定(Jmol) <- PDBトップ サイズの指定(Jmol) ページのレイアウトや分子の大きさによって、アプレットの大きさを指定したい時があります。 その時は、ファイル名の後に、幅と高さを指定します。 <jmol tyr.pdb.gz 400 260></jmol> , ,
システイン システイン Cystein, Cys, C 側鎖にチオール基(-SH)をもつアミノ酸。チオール基は、酸化還元反応(たとえばグルタチオンの酸化還元反応)や金属の配位子としての役割を果たす。生体内ではメチオニンから生合成する経路がある。2分子のシステインのチオール基が酸化し、結合したものは , , , , ,
スレオニン スレオニン Threonine, Thr, T ほとんどはL型で存在する必須アミノ酸のひとつ。卵、牛乳、ゼラチンやその他のたんぱく質に含まれる。 Name L-Threonine MeSH 68013912 Molecular Formula CAS No. , , ,
セリン (2S)-2-amino-3-hydroxy-propanoic acid , , ,
ダイヤモンド ダイヤモンド <jmol diamond.pdb.gz></jmol> jmol 立体構造 ,
チロシン チロシン Tyrosine, Tyr, Y 非必須アミノ酸。動物はフェニルアラニンから生合成できる。エピネフリンや甲状腺ホルモンやメラニンの前駆体である。 Name L-Tyrosine MeSH 68014443 CAS No.60-18-4Molecular Weight 181.18854 g/mol Molecular Formula XLogP -1.8 m.p.290 - ℃pK1 , , ,
バリン バリン Valine, Val, V 側鎖に疎水性の側鎖をもつ必須アミノ酸。分岐鎖をもつ分岐鎖アミノ酸であり、刺激作用ももつ。筋肉や組織修復を促進するアミノ酸であり、ペニシリン生合成の前駆体でもある。語源はアミノ吉草酸(valeric acid)の「Val」から。 , , ,
ヒスチジン ヒスチジン Histidine, His, H 側鎖にイミダゾール基を持つ塩基性アミノ酸。必須アミノ酸。イミダゾール基は酵素反応において基質の中間体を安定化させたり、金属イオンの配位子となって酵素の活性部位で重要な役割を果たすことが多い。ヒスタミンの前駆体である。 , , , ,
フェニルアラニン フェニルアラニン Phe, F 必須アミノ酸で、芳香環側鎖を持つ。メラニン、ドーパミン、ノルアドレナリン、チロキシンといったホルモンの前駆体である。 Name L-Phenylalanine CAS No.63-91-2MeSH 68010649 Molecular Weight 165.18914 g/mol , , ,
メチオニン メチオニン Methionine, Met, M 側鎖に硫黄原子をもつ必須アミノ酸。硫黄原子は、メチル基を他の分子に供与したり、他の分子を受け取る重要な役割を果たしている。また、重金属の配位子としても働く。 , , , ,
ラクタマーゼ ラクタマーゼ βラクタマーゼ * IPR001466 InterProエントリ(タンパク質ファミリー) * 3.5.2.6 Brendaエントリ(酵素データベース) <jmol 1bsg.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , ,
ロイシン ロイシン Leucine, Leu, L 疎水性の側鎖を持つ必須アミノ酸。ヘモグロビン合成に重要なアミノ酸の一つである。 Name L-Leucine MeSH 68007930 CAS No.61-90-5Molecular Weight 131.17292 g/mol Molecular Formula , , ,
ロイシンとイソロイシンの比較 ロイシンとイソロイシンの比較 ロイシンとイソロイシンは化学組成が等しい構造異性体であり、次のような違いがある。 * ロイシンは主鎖から離れたγ炭素で分岐している。 * イソロイシンは主鎖に近いβ炭素で分岐している。 , ,
分岐鎖アミノ酸(BCAA) 分岐鎖アミノ酸(BCAA) 分岐鎖アミノ酸(BCAA)は、アミノ酸側鎖の部分がβ炭素で分岐しているイソロイシン、ロイシン、バリンの総称。いずれも必須アミノ酸であり、筋肉組織に豊富にふくまれることから、サプリメントとして使用されることが多い。 ,
読込ボタンを追加する <-PDBトップ 読込ボタンを追加する PDBファイルが大きい場合や、一つのページにたくさんのアプレットがあると、すべてが読み込まれるまでに時間がかかってしまいますね?その場合は、ボタンを押した後に読み込むようにしておくと良いでしょう。サイズ指定の後に、ボタン表示をtrue(真)にします。 , ,