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Ble Ble Bleはブレオマイシン活性を抑えるブレオマイシン耐性遺伝子。 Gene Accession X52869 InterPro Bleomycin resistance protein family PDB * * References 酵素 抗生物質 jmol interpro pdb , , , ,
GCN4-bZIP GCN4-bZIP ロイシンジッパーと塩基性へリックス(bZIP)とDNAの完全な複合体の結晶構造解析。 pdb dna結合タンパク質 ,
jmol.jsコードを利用する jmol.jsコードを利用する Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。 , ,
jmol.jsコードを利用する <- PDBトップ jmol.jsコードを利用する Jmolの操作に慣れている方は、もっと詳しい設定の指定をしたり、jmol.jsコードを利用したいと思われるでしょう。その場合は、タグの間にコードを埋め込みます。 , ,
Molecule of the month 2000 Molecule of the Month2001-> Molecule of the month 2000 Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell * Myoglobin * Bacteriophage phiX174 * DNA Polymerase * Collagen * Cytochrome c Oxidase * HIV-1 Protease * Nucleosome * Restriction Enzymes * Lysozyme * Ribosome * Rubisco * Pepsin Myoglobin * Myoglobin - RCSB PDB Bacteriophage phiX174 * Bacteriophage phiX174 - RCSB PDB DNA Polymerase * DNA Polymerase Collagen * Collagen - RCSB PDB Cytochrome c Oxidase * Cy… ,
Molecule of the month 2001 <- Molecule of the Month2000 - Molecule of the Month2002-> Molecule of the month 2001 Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell * Alcohol Dehydrogenase * Insulin * Transfer RNA * Aminoacyl-tRNA Synthetases * Cyclooxygenase * Myosin * Actin * Poliovirus and Rhinovirus * Antibodies * Photosystem I * DNA * Glycogen Phosphorylase Alcohol Dehydrogenase * Alcohol Dehydrogenase Insulin * Insulin tRNA * Transfer RNA Aminoacyl-tRNA Synthetases * Aminoacyl-tRNA Sy… ,
Molecule of the month 2002 <- Molecule of the Month2001 - Molecule of the Month2003-> Molecule of the month 2002 Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell * Thrombin * Nitrogenase * Bacteriorhodopsin * Anthrax Toxin * Penicillin-binding Proteins * Glutamine Synthetase * p53 * Chaperones * Reverse Transcriptase * Dihydrofolate Reductase * Ferritin and Transferrin * Cytochrome c Thrombin * Thrombin Nitrogenase * Nitrogenase Bacteriorhodopsin * Bacteriorhodopsin Anthrax Toxin * Anthrax T… ,
Molecule of the month 2004 <- Molecule of the Month2003 - Molecule of the Month2005-> Molecule of the month 2004 Molecule of the Month - 2004 by D.S. Goodsell * The Glycolytic Enzymes * The Calcium Pump * Growth Hormone by D.S. Goodsell and S. Dutta * Serpins * Acetylcholinesterase * DNA Ligase * Caspases * Catalase * G Proteins * Photosystem II * Ubiquitin protein pdb ,
Molecule of the month in 2003 <- Molecule of the Month2002 - Molecule of the Month2004-> Molecule of the month in 2003 Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell * Serum Albumin by D.S. Goodsell * Potassium Channels by D.S. Goodsell and S. Dutta * lac Repressor * RNA Polymerase * Hemoglobin by D.S. Goodsell and S. Dutta * Green Fluorescent Protein (GFP) * Src Tyrosine Kinase * Calmodulin by D.S. Goodsell and S. Dutta * Estrogen Receptor * Trypsin * Simian Virus 40 * Catabolite Activator Protein Serum Albu… ,
Molecule of the Month in 2005 <- Molecule of the Month2004 - Molecule of the Month2006-> Molecule of the Month in 2005 Molecule of the Month - 2005 by D.S. Goodsell * Phenylalanine Hydroxylase by D.S. Goodsell and S. Dutta * Major Histocompatibility Complex * T-Cell Receptor * Kinesin * Self-splicing RNA * Carotenoid Oxygenase * TATA-Binding Protein * Neurotrophins * Cholera Toxin * Designer Proteins * Acetylcholine Receptor * ATP Synthase Phenylalanine Hydroxylase * Phenylalanine Hydroxylase by D.S. Goo… ,
Nucleosome Nucleosome PDB entry pdb
PDB category <- Japanese PDB category This category (namespace) is a space for the PDB files. You can read the PDB files from any pages using Jmol plugin in the Symplus Wiki. You can place the molecular model by Jmol applet easily. This page demostrates how to use the Jmol applet with the DokuWiki ,
PDBカテゴリ 日本語|English PDBカテゴリ このカテゴリは、PDBファイルをアップロードするための場所です。このカテゴリに圧縮したPDBファイルをアップロードしておけば、このWiki内の他ページで分子モデルビューワーJmolで表示出来るようになります。 , , ,
Pfu DNAリガーゼ Pfu DNAリガーゼ 好熱細菌 Pyrococcus furiosus (Pfu)のDNAリガーゼ。 PDB <jmol 2cfm.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
SV40 SV40 ウィルス粒子は、単純かつ巧妙な構造を持っている。SV40は 5243塩基 の環状DNAを格納できる殻を、1種類のキャプシドタンパク質360個で組み上げてしまう。 Links * 今月の分子2003 * Simian Virus 40 構造タンパク質 ウィルス pdb , ,
Taq DNA ポリメラーゼI Taq DNA ポリメラーゼI 好熱細菌Thermus aquaticus(Taq)のDNAポリメラーゼI。高温でも活性を失わないため、PCRに利用される。 PDB Taq DNA ポリメラーゼ/DNAの複合体結晶構造 <jmol 4ktq.pdb.gz 300 300 true> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , , ,
アナボリックステロイド (Anabolic Steroids) アナボリックステロイド (Anabolic Steroids) アナボリックステロイドは、テストステロン様の構造で筋肉増強剤として使用されている。このステロイドには、男性ホルモンとしての役割(胚の成長・分化への作用や思春期のテストステロン濃度の上昇)と、同化作用(筋肉中のタンパク質合成・血球の生成・性機能の形成)がある。 , ,
アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼ アミノグリコシドフォスフォトランスフェラーゼは、ATPからネオマイシン骨格にリン酸を転移させる酵素。この酵素の遺伝子を持つ細胞は、 , , ,
ウマ心臓ミオグロビン ウマ心臓ミオグロビン PDB:1WLA * * <jmol 1wla.pdb.gz> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); ,
クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT) 日本語 English クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT) クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼは、アセチルCoAのアセチル基をクロラムフェニコール(Cm)の水酸基へ転移させる酵素。アセチル化されたCmはリボソーム50Sサブユニットに結合できなくなる。 , , ,
サイズの指定(Jmol) <- PDBトップ サイズの指定(Jmol) ページのレイアウトや分子の大きさによって、アプレットの大きさを指定したい時があります。 その時は、ファイル名の後に、幅と高さを指定します。 <jmol tyr.pdb.gz 400 260></jmol> , ,
チミンダイマー チミンダイマー チミン シトシン チミンやシトシンは、紫外線を吸収するとピリミジン環の二重結合が開裂して、DNA2重らせん上の隣の塩基同士で共有結合を形成することがある。特によく見られるのが隣り合うチミン同士が結合する「チミンダイマー」である。 , ,
チログロブリン チログロブリン チログロブリンは甲状腺に特有の大きな糖タンパク質で、甲状腺ホルモンであるチロキシン(T4)やトリヨードチロニン(T3)の前駆体である。 (InterPro) PDB entry Reference pdb interpro ホルモン 甲状腺 糖タンパク質 , , , ,
デオキシリボ核酸 (DNA) デオキシリボ核酸 (DNA) 構造 ヒトを作るのに必要な遺伝情報は、このDNA分子に収められた1.5GB。 Links * DNA - RCSB Molecule of the month dna pdb 核酸 , ,
トロンビン トロンビン 血液には緊急補修のための「血液凝固システム」を持っている。その中心的な役割を果たすのがトロンビンである。このタンパク質は、フィブリノーゲン繊維をつなぎ合わせて血液の漏れをせき止める。 , ,
ニトロゲナーゼ ニトロゲナーゼ 空気中の75%を占める窒素分子は、化学的な安定性が高いために窒素原子に分けることがとても難しい。バクテリアのニトロゲナーゼ酵素は、この難しい反応を行い、生物が使いやすい分子として窒素を固定化する。 , , ,
ヌクレオソーム ヌクレオソーム 核内でDNA二重鎖を折りたたんでいるタンパク質複合体。DNAを物理的、化学的な損傷から守っている。 コアヒストンはH2Ax2, H2Bx2, H3x2, H4x2の8量体であり、この周りに146塩基 , , ,
バクテリオファージφx174 バクテリオファージφx174 細菌(バクテリア)に感染するファージの一つ。立体構造としては、PDBデータベースの記念すべき10000番目のエントリで、データベースの中でも飛びぬけて巨大な構造。420本のポリペプチド鎖からなり、50万個を越える原子をもつ。 , ,
ヘマグルチニン ヘマグルチニン ヘマグルチニンは、ウィルス表面に生えている2種類のポリペプチド鎖からなるタンパク質。ヒトの細胞表面の糖鎖を特異的に認識・結合し、ヒトの細胞膜とウィルス表面を近づけて感染を開始する。 ,
ポリオウィルス ポリオウィルス Wikipedia Links * 今月の分子2001 * Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month' * ライノウィルス ウィルス pdb ,
ライノウィルス ライノウィルス Wikipedia Links * 今月の分子2001 * Poliovirus and Rhinovirus - RCSB PDB 'Molecule of the month' * ポリオウィルス ウィルス pdb ,
ラクタマーゼ ラクタマーゼ βラクタマーゼ * IPR001466 InterProエントリ(タンパク質ファミリー) * 3.5.2.6 Brendaエントリ(酵素データベース) <jmol 1bsg.pdb.gz 300 300> jmolBr(); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe off;cartoon;color cartoon chain;select ligand;wireframe 40;spacefill 120;","Ribbons"); jmolButton("select all;spacefill off; wireframe 40;spacefill 120;cartoon off;","Atoms"); jmolBr(); , ,
今月の分子 今月の分子 PDB(タンパク質構造データベース)を運営しているRCSBでD.S. Goodsellが月に一回ある分子の構造を選んで解説しているページ。豊富なイラストとともにタンパク質の機能について分かりやすく解説されている。 ,
今月の分子2000 今月の分子2000 RCSB PDBサイトで2000年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2000 by D.S. Goodsell * Myoglobin - ミオグロビン * Bacteriophage phiX174 - バクテリオファージφX174 * DNA Polymerase - DNAポリメラーゼ * Collagen - コラーゲン * Cytochrome c Oxidase - シトクロムcオキシダーゼ * HIV-1 Protease - HIV-1プロテアーゼ * Nucleosome - ヌクレオソーム * Restriction Enzymes - 制限酵素 * Lysozyme - リゾチーム * Ribosome - リボソーム * Rubisco - Rubisco * Pepsin - ペプシン pdb データベース… ,
今月の分子2001 今月の分子2001 RCSB PDBサイトで2001年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2001 by D.S. Goodsell * Alcohol Dehydrogenase - アルコールデヒドロゲナーゼ * Insulin - インシュリン * Transfer RNA - tRNA * Aminoacyl-tRNA Synthetases - アミノアシルtRNAシンテターゼ * Cyclooxygenase - シクロオキシゲナーゼ * Myosin - ミオシン * Actin - アクチン * Poliovirus and Rhinovirus - ポリオウィルス/ライノウィルス * Antibodies - 抗体 * Photosystem I - 光合成系I * DNA - DNA * Glycogen Phosphorylase - グリコーゲンホスホリラーゼ pdb データベース… ,
今月の分子2002 今月の分子2002 RCSB PDBサイトで2002年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2002 by D.S. Goodsell * Thrombin - トロンビン * Nitrogenase - ニトロゲナーゼ * Bacteriorhodopsin - バクテリオロドプシン * Anthrax Toxin - 炭疽毒素 * Penicillin-binding Proteins - ペニシリン結合タンパク質 * Glutamine Synthetase - グルタミンシンテターゼ * p53 - p53 * Chaperones - シャペロン * Reverse Transcriptase -逆転写酵素 * Dihydrofolate Reductase - ジヒドロ葉酸レダクターゼ * Ferritin and Transferrin - フェリチンとトランスフェリン * Cytochrome c - シトクロムc pdb データベース… ,
今月の分子2003 今月の分子2003 RCSB PDBサイトで2003年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2003 by D.S. Goodsell * Serum Albumin - 血清アルブミン * Potassium Channels - カリウムチャンネル * lac Repressor - lacリプレッサー * RNA Polymerase - RNAポリメラーゼ * Hemoglobin - ヘモグロビン * Green Fluorescent Protein (GFP) - GFP * Src Tyrosine Kinase - Srcチロシンキナーゼ * Calmodulin - カルモジュリン * Estrogen Receptor - エストロゲンレセプター * Trypsin - トリプシン * Simian Virus 40 - SV40 * Catabolite Activator Protein - カタボライト活性化タンパク質 pdb データベース… ,
今月の分子2004 今月の分子2004 RCSB PDBサイトで2004年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2004 by D.S. Goodsell * The Glycolytic Enzymes * The Calcium Pump * Growth Hormone by D.S. Goodsell and S. Dutta * Serpins * Acetylcholinesterase * DNA Ligase * Caspases * Catalase * G Proteins * Photosystem II * Ubiquitin pdb データベース ,
今月の分子2005 今月の分子2005 RCSB PDBサイトで2005年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2005 by D.S. Goodsell * Phenylalanine Hydroxylase - フェニルアラニンヒドロキシラーゼ * Major Histocompatibility Complex - MHC (主要組織適合複合体) * T-Cell Receptor - T細胞受容体(TCR) * Kinesin - キネシン * Self-splicing RNA - 自己スプライシングRNA * Carotenoid Oxygenase - カロテノイドオキシゲナーゼ * TATA-Binding Protein - TATA結合タンパク質 * Neurotrophins - ニューロトロフィン * Cholera Toxin - コレラトキシン * Designer Proteins - デザイナータンパク質 * Acetylcholine Receptor - アセチルコリンレセプター * ATP Syn… ,
今月の分子2006 今月の分子2006 RCSB PDBサイトで2006年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2006 by D.S. Goodsell * Topoisomerases * Alpha-amylase * Tissue Factor * Hemagglutinin * Glucose Oxidase * Luciferase * Amyloid-beta Precursor Protein * AAA+ Proteases * Elongation Factors * Cytochrome p450 * Fibrin * Transposase pdb データベース ,
今月の分子2007 今月の分子2007 RCSB PDBサイトで2007年に紹介された、「今月の分子」 Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell * Importins * Exosomes * Zinc Fingers * Clathrin by G.T. Johnson and D.S. Goodsell * Aconitase and Iron Regulatory Protein 1 * Fatty Acid Synthase * Thymine Dimers * Anabolic Steroids * Citrate Synthase * Superoxide Dismutase * Multidrug Resistance Transporters * Oxidosqualene Cyclase pdb データベース ,
干渉RNA (siRNA) 干渉RNA (siRNA) 短い二重鎖RNAであるsiRNAが細胞に導入されると、狙った遺伝子のmRNAを効果的に壊すことができる。これは、特定の遺伝子の機能を調べるときに非常に役に立つだけでなく、この機能を病気の治療に利用できる可能性がある。 ,
概日時計タンパク質 概日時計タンパク質 生物には、1日の長さを知るための仕組みを備えていて、これを概日時計と呼ぶ。シアノバクテリアで見つかった単純な仕組みには、3つのタンパク質がかかわっており、タンパク質の合成と分解のサイクルの時間が制御されている。 , ,
読込ボタンを追加する <-PDBトップ 読込ボタンを追加する PDBファイルが大きい場合や、一つのページにたくさんのアプレットがあると、すべてが読み込まれるまでに時間がかかってしまいますね?その場合は、ボタンを押した後に読み込むようにしておくと良いでしょう。サイズ指定の後に、ボタン表示をtrue(真)にします。 , ,
2006 <- Molecule of the Month2005 - Molecule of the Month2007-> 2006 Molecule of the Month - 2006 by D.S. Goodsell * Topoisomerases * Alpha-amylase * Tissue Factor * Hemagglutinin * Glucose Oxidase * Luciferase * Amyloid-beta Precursor Protein * AAA+ Proteases * Elongation Factors * Cytochrome p450 * Fibrin * Transposase protein pdb ,
2007 <- Molecule of the Month2006 2007 Molecule of the Month - 2007 by D.S. Goodsell * Importins * Exosomes * Zinc Fingers * Clathrin by G.T. Johnson and D.S. Goodsell * Aconitase and Iron Regulatory Protein 1 * Fatty Acid Synthase * Thymine Dimers * Anabolic Steroids * Citrate Synthase * Superoxide Dismutase * Multidrug Resistance Transporters * Oxidosqualene Cyclase Importins * Importins Exosomes * Exosomes Zinc Fingers * Zinc Fingers Clathrin * Clathrin by G.T… ,